Segundo o governante, o estudo de impacte ambiental que está em análise neste momento aponta para 2,5 milhões de toneladas de dióxido de carbono emitidos pela refinaria em si, através dos processos de transformação de petróleo em derivados. No entanto, outras unidades que têm de ser construídas para que a refinaria funcione, em especial uma central de co-geração, para produzir electricidade e vapor, lançarão uma quantidade ainda maior de carbono para a atmosfera. "O total ultrapassa as seis milhões de toneladas", afirma o secretário de Estado.

Ao abrigo do sistema europeu de comércio de emissões, a refinaria terá de possuir licenças para o dióxido de carbono que emitirá anualmente. A associação ambientalista Quercus opõe-se a que estas licenças sejam atribuídas gratuitamente à refinaria, assim como às novas centrais térmicas que deverão ser construídas até 2012.

Nos cálculos da Quercus, se a refinaria estiver operacional em 2010, nos três anos até 2012 as emissões custariam um total de 360 milhões de euros - caso o preço da tonelada de carbono seja de 20 euros. Este custo tem de ser tido em conta no plano de investimento do projecto, e não suportado pelo Estado, segundo a associação. A refinaria, diz a Quercus num comunicado, "tornará Portugal num país mais insustentável em termos de emissões de gases de efeito de estufa".

O secretário de Estado do Ambiente diz que dificilmente a totalidade das emissões da refinaria poderão ser contempladas no novo Plano Nacional de Alocação de Licenças de Emissões (PNALE), para 2008-2012, que está neste momento a ser elaborado. Os planos para a primeira fase do comércio de emissões (2005-2007) foram generosos e a Comissão Europeia exige que os Estados-membros reduzam o bolo de licenças que atribuirão agora na segunda fase.

Portugal poderia ter um PNALE novamente generoso, caso o Programa Nacional para as Alterações Climáticas (PNAC), que também está em revisão, contivesse novas medidas para reduzir emissões em grande quantidade em outros sectores, como nos transportes. Humberto Rosa sugere, porém, que isto dificilmente ocorrerá. "A revisão do PNAC põe-nos numa situação mais desafogada. Mas não estamos num cenário em que nosso défice para o cumprimento do Protocolo de Quioto desaparece por completo", afirma.

Segundo o Protocolo de Quioto, um tratado internacional para o combate às alterações climáticas, Portugal pode aumentar no máximo em 27 por cento as suas emissões de carbono até 2012, em relação aos níveis de 1990. Só a refinaria representaria um aumento de 10 por cento nas emissões de 1990. Este valor pode, porém, não ser integralmente contabilizado, caso a refinaria compre as suas licenças de emissões no mercado.