Quanto à votação final global da lei de organização e investigação criminal, a proposta do Governo foi aprovada apenas pelos deputados do PS e teve os votos contra de toda a oposição, do CDS-PP ao Bloco de Esquerda.

O ponto mais polémico da lei de segurança interna reside na figura do secretário-geral de segurança, havendo críticas sobre a alegada interferência deste na área da investigação criminal que é da competência do Ministério Público. As suas funções, que incluíam a coordenação das forças policiais, passam agora a ser delimitadas a situações como ataques a órgãos de soberania, hospitais, prisões e escolas, sistemas de abastecimento de água e electricidade, bem como estradas e transportes colectivos.

No debate na especialidade, o PSD defendeu, a propósito da figura do secretário-geral de segurança, uma separação mais nítida entre a segurança pública e a investigação criminal, enquanto o BE alertou para o perigo para o Estado de direito democrático que representa os poderes atribuídos à nova figura que coordena as polícias.

O Governo e também o PS já vincaram, em diversas ocasiões, que o secretário-geral de segurança não tem acesso a processos em concreto, nem interfere na sua investigação.