O Segundo Protocolo do Acordo Ortográfico, cuja ratificação era essencial para a entrada em vigor do acordo, foi aprovado no Parlamento a 16 de Maio com os votos favoráveis do PS, PSD, Bloco de Esquerda e sete deputados do CDS. Três deputados do PSD, Henrique Freitas, Regina bastos e Zita Seabra - que invocou "conflito de interesses" por ser editora - além de Matilde Sousa Franco, do PS, abandonaram o hemiciclo antes da votação.

O acordo contou ainda com a abstenção das bancadas do PCP, PEV e dos deputados Paulo Portas, José Paulo Carvalho e Abel Baptista (CDS-PP). Contra votaram Manuel Alegre, PS, Nuno Melo e António Carlos Monteiro (CDS) e a deputada não inscrita Luísa Mesquita (ex-PCP). Paulo Portas e o deputado João Oliveira anunciaram declarações de voto.

O protocolo, assinado na V Cimeira de chefes de Estado e de Governo da Comunidade dos Países de Língua Portuguesa (CPLP), em São Tomé e Príncipe, abre a possibilidade de adesão da República Democrática de Timor-Leste, que à data do Acordo (1990) ainda não era um Estado soberano. Além de Portugal, ratificaram o Acordo Ortográfico Brasil, Cabo Verde e São Tomé e Príncipe.